Der Geschichte nach liess Johann Sebastian von Clais 1787 die klassizistische Villa zusammen mit zwei symmetrisch angeordneten Orangeriegebäuden erbauen. Der zugehörige Garten zeigte ein klassisches Wegkreuz mit vier Rasenkompartimenten und einem Rundbrunnen im Kreuzungspunkt. Stadtseitig schloss ein kleiner Landschaftsgarten an, der über die Querachse des Hauptgartens erreichbar war. Um 1843 erfolgte die vollständige landschaftliche Überformung der Liegenschaft mit neuem Wasserbecken. 1889 konnte Evariste Mertens den Park des Lindenguts teilweise überarbeiten und um einen Rasentennisplatz ergänzen. 1946 kaufte die Stadt die Liegenschaft. Der gusseiserne Pavillon an der General-Guisan-Strasse, der 1883 an der Zürcher Landesausstellung vorgestellt wurde, gelangte 1977 aus dem Garten der Villa Schöllhorn in den Lindengutpark.

Anlass des Parkpflegewerks bot damals die projektierte Erweiterung der General-Guisan-Strasse. Das Bauprojekt erlaubte die Wiederherstellung des stadtseitigen Parkeingangs und die Verlängerung der Platanenallee.